Кафедра госпитальной хирургии медицинского факультета МГУ была открыта в октябре 1846 года, когда при Московской Екатерининской больнице была создана Госпитальная хирургическая клиника (кафедра госпитальной хирургии) медицинского факультета Московского университета. Организатором и директором был выдающийся русский хирург доктор медицины, профессор Андрей Иванович Поль.

    2 сентября 1892 года на Девичьем поле было открыто новое здание Госпитальной хирургической клиники (проект её третьего директора русского хирурга, доктора медицины, профессора Ивана Николаевича Новацкого). Госпитальная хирургическая клиника, носящая с 1935 г. имя А. В. Мартынова, сыграла выдающуюся роль в развитии отечественной хирургии. Более чем за столетнюю историю ее коллективом накоплен громадный опыт лечебной, педагогической и научной работы. В нашей стране не было такой проблемы в хирургии, которая, тем или иным образом, не отражалась бы в трудах клиники, возглавлявшейся выдающимися деятелями медицины П.И. Дьяконовым, А.В. Мартыновым, П.А. Герценым.

    Во многих разделах отечественной хирургии Госпитальной хирургической клинике принадлежала ведущая роль. После прихода на кафедру госпитальной хирургии им. А.В. Мартынова в 1956 году Бориса Васильевича Петровского диапазон научной тематики и хирургической активности коллектива был значительно расширен, клиника оснащена современной диагностической аппаратурой, созданы лаборатории искусственного кровообращения, анестезиологии и реанимации. Наряду с прежними традициями (хирургия желчных путей, желудка, щитовидной железы и др.) в клинике получили развитие хирургия органов грудной полости, хирургия сердца и магистральных сосудов, пищевода, желудка, трансплантологии и др. Масштабы проводимых научных исследований, создание новых и расширение имеющихся лабораторий и оснащение их современной аппаратурой диктовали необходимость создания структуры, которая позволит выполнить кардинальную задачу -формирование научной хирургической школы — преемницы школы П.А. Герцена.

    Соединить клинику, эксперимент и педагогический процесс возможно только в условиях научно-исследовательского института. 19 марта 1963 года академиком Б.В. Петровским организован Научно-исследовательский институт клинической и экспериментальной хирургии (НИИКи ЭХ) МЗ РСФСР – ныне РНЦХ им. акад. Б.В. Петровского РАМН (Распоряжение Совмина СССР от 19 марта 1963 г. № 571-р, Распоряжение Совмина РСФСР от 25 марта 1963 г. № 1000-р, Приказ Министра здравоохранения РСФСР от 8 мая 1963 г. № 144). Для проведения экспериментальной части исследований в здании бывшего Института экспериментальной терапии создана экспериментальная лаборатория на Погодинской улице, где ранее работал выдающийся ученый С.С. Брюхоненко.

    Основными научными направлениями работы кафедры и института стали восстановительная и реконструктивная хирургия сердца, сосудов, органов дыхания, пищевода, желудка и желчных путей, а также анестезиология, реанимация, пересадка органов. Позднее, значительную роль в научном становлении играло создание крупнейшего в мире центра гипербаротерапии и барохирургии как отдела НЦХ РАМН (переименован 23 марта 1992).

    Но долгом ученого, его главной заслугой и основным достижением академик Б.В. Петровский считал воспитание и подготовку учеников, создание научной школы, основанной на преемственности идей, стратегии, поиска, развития и реализации, объединения хирургов и ученых смежных специальностей, главная цель которой — оказание помощи больному человеку.